对于用药物处理的实验组以及未处理组如何分析？

亲爱的作者，
        您好，
       在我的一个实验设计中，我们测序了WT组以及经药物治疗的组别，我想使用scRank探究药物的作用，我应该分组别进行分析然后量化差异比较吗？亦或者应该怎样呢？
      
       求回复O(∩_∩)O~