Установка http.proxy не будет работать для ssh. Вам необходимо прокси-соединение вашего SSH. См. Это описание. Подвести итоги:
Запустите git-cmd.bat и создайте ~/.ssh/config (notepad %home%\.ssh\config).
ProxyCommand /bin/connect.exe -H proxy.server.name:3128 %h %p
Host github.com
User git
Port 22
Hostname github.com
IdentityFile "C:\users\username\.ssh\id_rsa"
TCPKeepAlive yes
IdentitiesOnly yes
Host ssh.github.com
User git
Port 443
Hostname ssh.github.com
IdentityFile "C:\users\username\.ssh\id_rsa"
TCPKeepAlive yes
IdentitiesOnly yes
(установите правильное имя хоста прокси: порт и путь к id_rsa. Когда вы используете git-bash, используйте косую черту в пути к id_rsa)
(Моя версия msysgit включает в себя connect.exe, поэтому мне не нужно скачивать и компилировать connect.c). Предварительно скомпилированный exe также доступен здесь.
Теперь ssh github.com должен работать
Обратите внимание, что если вы хотите подключиться через прокси socks5, измените -H на -S.
ProxyCommand connect -S proxy.server.name:1080 %h %p
Если вы используете файловую систему Linux, разрешение файла ~/.ssh/config должно быть 600, но для стандартного раздела Windows NTFS такого рода разрешения не существует.
Если вашему прокси-серверу требуется NTLM-аутентификация, вы можете использовать cntlm, см. Также этот ответ.